Når larven begynder at forpuppe sig, bliver den kortere, tykkere og mere afrundet idet forenden trækkes ind i de efterfølgende led. Samtidigt bliver den mere og mere ubevægelig og skifter farve fra gullighvid til lysebrun. Larvehuden hærdner gradvist til et hårdt mørkebrunt puppehylster (pupariet), der er ca. 6,3 mm lang.
Pupariet er helt ubevægeligt, men der findes stadig bevægelsespuder på bugsiden. På rygsiden mellem femte og sjette synlige led findes et par utydelige åndehuller, og disse er det eneste sted, hvorigennem puppen får luft.

Husfluens puppe stadie. A) Pupariet (puppehylsteret) hvorpå der ses rester af de forreste og bageste åndehuller fra larvestadiet. B) Puppen der udvikles indeni pupariet. C) Pupariet efter at den voksne flue er kommet ud gennem den forreste spalte.
|
|
Inde i puppehylstret sker forvandlingen fra larve til voksen flue. Fluelarven opløses først helt og bliver herefter genopbygget som den voksne flue med ben, snabel, følehorn og vinger. Denne forvandling sker i løbet af nogle dage, og så er fluen klar til mase sig ud af puppehylstret. På puppehylstret findes brudlinier som brister og åbner sig når fluen maser på. Under klækningen er den øverste del af fluens hoved tyndvægget og gummiagtigt, hvilket betyder at denne del af hovedet skiftevis kan spiles ud eller trækkes ind som en boble (pandeblæren), når der presses blod ud i hovedet. Ved hjælp af pandeblæren kan fluen mase sig ud af puppehylstret og op igennem den gødning, halm eller jord puppen har ligget i.
Varigheden af puppestadiet afhænger af temperaturen. Under 11° C stopper udviklingen.
| °C |
Dage i puppestadiet |
| 16 |
18-21 |
| 18 |
12-15 |
| 20 |
10-11 |
| 25 |
7-9 |
| 30 |
4-5 |
| 35 |
3-4 |
|
|