Udklækning af larven sker ved, at det sålformede areal løsnes som et låg. Herved fremkommer en spalte som larven kan presse sig ud igennem. Larven kravler ud med forenden først samtidigt med at furerne i ægget strækker sig bagud.

Så snart larven er klækket fra ægget borer den sig ind i det omgivende gødning og begynder at æde. De nyklækkede larver opsøger områder med høj fugtighed og temperaturer på ca. 30° -35°C. I et kilo gødning har man fundet op til 5000 larver.
Larven er hvid nærmest langstrakt kegleformet med hovedet i den spidse ende, hvorimod bagenden er mere bred og flad. Larven har 13 led, men de første 2 er delvist sammensmeltede, så kun 12 led er synlige. Larven har ingen ben, men på undersiden findes bælter af små spidse torne som giver fodfæste når larven maver sig frem.

I hovedenden kan man se det mørke svælgskelet og to sorte mundkroge – en stor og en lille. Disse kroge bruger larven til at skrabe føde ind i munden med. Krogene bruges også når larven vil hive sig frem gennem det medie den er begravet i. Faconen på svælg-skelettet er et af de kendetegn som bruges ved identifikation af fluelarver.
Nogle af de indre organer er synlige gennem huden, og man kan derfor ane tarmen og to lange ånderør som fordeler ilten til de indre organer. Ånderørene munder på bagenden ud i to spaltelignende åbninger – åndehullerne. Åndehullerne er de åbninger, hvor ilten komme ind i larvens respirationssystem.
I første larve stadie, er de to åndehuller på bagenden små simple spaltelignende åbninger
I andet larve stadie er spalterne større og mere tydelige.I tredje larve stadie består de bageste åndehuller af en mørk kitinplade, hvor randen er særlig tyk og har form som et D. Siderne forlænger sig indad som en lille plade, der indeslutter en sammenklemt åbning (”arret”). På den lysere flade findes tre bugtede spalter, hvor luften passerer igennem.(figur 6a). Udformningen på åndehullerne i bagenden er karakteristiske for den enkelte flueart og er et vigtigt kendetegn, når man artsbestemmer fluelarver.
Anden- og tredje stadie larver har også åndehuller i forenden. De forreste åndehuller har form som en vifte, og i kanten sidder 6-7 små kopformede åbninger.
Stuefluens larver har ikke øjne, men i en hulning inde i svælgskelettet findes nogle lysfølsomme sanseceller. Cellerne sidder på en sådan måde, at hvis lyset kommer ind bagfra ligger de i skygge, men kommer det forfra rammer det direkter ind i de lysfølsomme celler. På denne måde kan larven bestemme lysets retning og orientere sig efter det.
Larven har altså mulighed for at reagere på forskelle i lysintensitet. I første stadie vil larven bevæge sig væk fra lyset (negativ phototaxis) og ned i det materiale, hvor den lever. I sidste (tredje) stadie søger larven højere op mod overfladen af gødningen (positiv phototaxis). Denne adfærd gør, at den finder frem til områder, hvor det er mere tørt og, hvor temperaturen er lavere og dermed mere velegnede, når den skal forpuppe sig.
Fluelarverne bruger det meste af tiden på at æde af de mange bakterier og gærsvampe, som findes i f.eks. gødning. Det er en meget næringsrig føde og under ideelle betingelser er stuefluens larve kun 3-4 dage om at blive fuldvoksen. I det korte tidsrum vokser den fra 1,5 mm. til 12 mm. og gennemgår to hudskifter.
Hastigheden af larveudvikling gennem de tre stadier afhænger af temperaturen. Unge larver vil opsøge områder med en temperatur på 30 – 37° C. Når larverne bliver ældre bevæger de sig mod mere tørre områder lavere temperaturer, og de foretrækker at forpuppe sig ved ca. 15° C.
Disse temperaturer er de foretrukne. Imidlertid kan larver overleve indenfor et bredt interval af temperaturer. Ved temperaturer over er ca. 46° C. dør larven, og under ca. 8° C. går larveudviklingen i stå.
Selvom der er variationer i den rapporterede tid for udvikling af larver ved forskellige temperaturer, er det følgende typisk:
| °C |
Antal dage i larvestadierne |
| 16 |
11-26 |
| 18 |
10-14 |
| 20 |
8-10 |
| 25 |
7-8 |
| 30 |
5-6 |
| 35 |
3-4 |
|